A rendkívül jóképű Fülöp 1939-ben, 18 évesen találkozott az akkor 13 éves Erzsébettel. Az ifjú tengerésznövendék azonnal levette a lábáról a fiatal lányt és már találkozásuk másnapján meghívást kapott a királyi család yachtjára. A pár kapcsolatban maradt és míg Fülöp a világháborúban a csendes-óceáni és a földközi-tengeri hadszíntéren teljesített szolgálatot, számtalan levelet váltottak. Fülöp 1943 karácsonyán már hivatalos volt a királyi udvarba, három évvel később pedig megkérte Erzsébet kezét.

Tekintve, hogy a világtörténelemben számtalan példát találunk arra vonatkozólag, hogy az uralkodó családokon belül, egymással rokoni kapcsolatban álló felek lépjenek frigyre, (hogy a vérvonal erős maradjon), azon sem lepődünk meg, hogy Erzsébet és Fülöp között is vérségi kötelék volt. Viktória királynő révén harmad unokatestvéri, míg Dánia királyának, IX. Krisztiánnak köszönhetően másod unokatestvéri kapcsolatban álltak.

A legtöbb uralkodói frigyet jó előre megtervezték, és leginkább gazdasági, politikai céljuk volt (többnyire hatalom- és vagyonegyesítési szándékkal jöttek létre). Ez alól Erzsébet és Fülöp házassága kivételt jelentett. Miután a két tinédzser találkozott, levelezésbe kezdtek és minden lehetséges időt együtt töltöttek. Barátságuk szerelemmé és igazi, mély kötelékké alakult. Szerencsére Erzsébet édesapja kedvelte Fülöpöt, intelligensnek, talpraesettnek és humorral megáldott fiatalembernek tartotta, így nem ellenezte a házasságot.

Bár Fülöpöt kedvelte VI. György, lánya eljegyzését még egy kis ideig titokban akarta tartani. A fiatalok 1946-ban szándékoztak egybekelni, amikor Erzsébet 20 éves volt. A király engedélyezte a frigyet, de arra kérte a párt, hogy várjanak még a hivatalos bejelentéssel, amíg lánya 21 éves nem lesz.

Fülöp egykor nagy dohányos volt, ám ezt a káros szenvedélyét Erzsébet nem igazán nézte jó szemmel, mivel az édesapja is a cigaretta rabja volt. Fülöp a felesége kedvéért a cigarettát esküvőjük reggelén tette le végleg és soha többet nem gyújtott rá.

Házasságuk kezdetén Erzsébet még nem volt Anglia királynője, ezért tehette meg, hogy felvegye Fülöp nevét. Házasságuk napján Fülöp Edinburgh hercege lett, Erzsébet pedig Edinburgh hercegnéje. Mindez VI. György halálával változott meg. Amikor Erzsébet trónra lépett, megkapta az Őfelsége a Királynő címet, míg férje herceg maradt.

1949 és 1951 között Erzsébet és Fülöp Málta fővárosában, a Villa Guardamangia-ban laktak, Fülöpöt ugyanis odakötötte tengerésztiszti szolgálata. A család életrajzírója úgy emlékezik meg erről az időszakról, mint a legboldogabb és leggondtalanabb évekről egész életükben: friss házasok voltak, akkor még csak egy gyermekkel és Erzsébetet még nem nyomasztották a királynői kötelezettségek. Erzsébet tiszti feleségként követte Fülöpöt Máltára, első gyermeküket, Károlyt pedig Angliában hagyták nagyszülői felügyelet alatt.

Málta nem az egyetlen alkalom volt, amit a királynő és Fülöp gyermekeiktől távol töltöttek. Míg gyermekeik kicsik voltak, gyakran mentek hivatalos uralkodói körutakra, melyek közül nem egy akár hónapokig is elhúzódott. Károly herceg, a róla írt életrajzi könyvben úgy emlékezett vissza erre az időszakra, hogy édesanyja soha nem volt számára elérhető és minden emléke, az első lépések és szavak a dadáihoz kötődnek.

Ha láttad a The Crown című sorozatot, abból kiderült, hogy Fülöp nagyon szenvedett attól, hogy a felesége, királynővé avatását követően jóval nagyobb hatalommal és befolyással bír, mint ő. És bár a Netflix produkciónak nem kell minden részletét készpénznek venni, a történet alapja valóban igaz.

Amikor VI. György meghalt és Erzsébet lett az új uralkodó, Fülöpnek a tengerésztiszti karrierje tört derékba. Fülöp erről így nyilatkozott egy interjúban:

"Azt hittem, hogy a haditengerészetnél fogok karriert befutni, de nyilvánvalóvá vált, hogy erre semmi remény. Nem maradt választás. Egyszerűen megtörtént. Kompromisszumokat kellett kötni. Ez az élet. Elfogadtam, igyekeztem a legtöbbet kihozni belőle."

Fülöp nagyon nehezen viselte, hogy gyermekei a Windsor nevet viselik a Mountbatten (azaz az ő neve) helyett. Fülöp felháborodott és csalódott volt egyszerre: 

"Én vagyok az egyetlen férfi ebben az országban, aki nem adhatja a saját nevét a gyerekeinek. Nem vagyok több, mint egy átkozott amőba."

Erzsébet, látva férje állandó boldogtalanságát, 1960-ban úgy döntött, hogy gyermekeik viselhetik a Mountbatten-Windsor vezetéknevet, azonban a királyi család továbbra is Windsor-ház marad.

Nehéz elképzelni, hogy valaki ne Őfelségének szólítsa Erzsébetet, de Fülöp, a férje, természetesen megtette. Méghozzá nem is akármilyen becenevet talált ki neki, gyakran hívta Erzsébetet „Kolbászkának”. Hogy miért? Mert a királynőnek alapból nem mosolygós, hanem inkább szomorkás arca van. Egyszer, egy hivatalos alkalommal, felesége elszontyolodott arckifejezését látva csúszott ki Fülöp száján: „Ne nézz olyan szomorúan, Kolbászkám”. Ezzel a becenév a királynőn ragadt. Ha Fülöp kedveskedni szeretett volna, akkor viszont előszeretettel szólította Lilibetnek.